معاونت" نوآوري و تجاری‌سازی " با هدف ايجاد تحول اساسي در ساختار معاونت پيشين، خصوصاً دفتر تجاري‌سازي همراه با ايجاد برند براي سازمان در خصوص نتايج تحقيقات تجاري‌شده و درآمدسازي براي سازمان در سال 1392 ايجاد گرديد. اما سابقة فعالیت‌های آن به زمان تأسیس سازمان پژوهشهاي علمي و صنعتي ايران باز می‌گردد.